讀文獻是我在入學之前的面試上，老師就一直強調的能力。對于剛進入研究生階段的新生來說，讀文獻不僅是日常必修的任務之一，更是增強科研思維、提升課題設計能力的重要途徑。今天我將結合個人淺薄的文獻學習經驗，向大家分享一些行之有效的閱讀文獻的方法。

一、泛讀

速讀適用于剛開始進行課題研究、對研究領域或研究方法還不熟悉的階段。此時，首先需要確定研究方向的關鍵詞或主題詞，通過PubMed進行相關文獻的廣泛檢索，接著逐一閱讀每篇文獻的題目和摘要，并在閱讀過程中進行記錄、整理與分類。

二、跳讀

適合在課題研究過程中遇到涉及具體的研究方法細節、引物序列或試劑信息等具體問題時使用。這種情況下，不需要通讀整篇文獻，而是聚焦于獲取所需的特定信息。

比如我想要搜索今年11月發表的與組蛋白和點擊化學有關的文獻，就可以用這樣的檢索策略，右側的Search details會顯示自動優化得到的檢索詞

((click chemistry) AND (histone) ) AND ("2024/11/01"[Publication Date] : "2024/11/30"[Publication Date])

在找文獻的過程中，可以在PubMed直接用關鍵詞進行全文范圍的檢索。找到文獻以后，只要確認該文獻中包含自己需要的信息（很多軟件中都可以用Ctrl+F快捷鍵功能查找關鍵詞），便可以直接定位到相關內容。

三、精讀

精讀主要集中在追蹤研究領域中的最新前沿成果，通常選擇高影響因子的期刊，通篇閱讀并深入分析文章。通過仔細閱讀Introduction部分，可以學習該研究的選題切入方式；在Results部分，可以分析研究邏輯如何層層推進；在Discussion部分，可以理解該研究的優點和不足；而Methods部分則可以讓我們學習文章在模型設計中的具體條件。總體而言，精讀是文獻學習中最重要的步驟，它對于提升科研思維和課題設計能力具有關鍵作用。

我們接下來就以一篇2024年8月份發表在Cell Metabolism上的題為Dopaminylation of endothelial TPI1 suppresses ferroptotic angiocrine signals to promote lung regeneration over fibrosis的文章為例，結合文獻閱讀方法及具體實例，給大家介紹一下文獻的精讀應該如何完成。

第一步：判斷文章的研究方向，即熟悉標題、摘要和introduction。

通過閱讀文章標題、model圖以及Introduction部分，我們可以得到：

肺在受傷后具有恢復其原始功能組織的能力，但這種再生能力受到干擾時常常會導致纖維化，這是一種病理過程，其特征是正常肺組織被異常的纖維組織所替代。單胺類神經遞質（如多巴胺、五羥色胺等）可以通過轉谷氨酰胺酶2（TGM2）酶活性共價修飾蛋白質，發生單胺化修飾（monoaminylation）。

丁楅森和曹中煒的以往工作發現血管內皮細胞通過旁分泌“Angiocrine”因子與鄰近的上皮、間質及血液細胞相互作用從而調控肺的再生和纖維化。本研究通過整合點擊化學、蛋白組學、基因敲除/敲入鼠、臨床分析等多學科手段，進一步發現多巴胺通過修飾肺血管內皮細胞的TPI1蛋白，平衡了脂質/葡萄糖代謝，抑制鐵死亡從而促進肺再生并抑制纖維化。

這樣就能夠初步回答我們的兩個關鍵問題：

研究主題是什么？

研究與我們的方向是否相關？

第二步：快速瀏覽文章內容，即閱讀研究Results部分小標題和圖片標題。

閱讀完標題，我們就可以回答下一個關鍵問題：

論文的行文邏輯是什么？

我們可以看出，本文的行文邏輯是比較完整的從大的表型出發——篩選細胞分子——確定靶點以及機制——回歸到表型研究的經典文章。

第三步：仔細分析文章內容，即找到本文的分論點和總論點，以及支持它們的論據。

一篇文章的分論點指的就是每一個Result部分結論，這部分和上面第二步有一定重合，不過我們不能簡單地只是讀標題就草草了事，在第三步我們要通過閱讀Result的詳細內容去自己判斷分論點。總論點一般在Introduction最后一段或者是Discussion的最后一段，反映了作者的主要觀點。而論據就是作者為了證實論點而開展的實驗，并思考每一個實驗結果的總量和所有實驗結果之間的邏輯其是否足以支撐作者的論點。

這個部分的細節過多，由于篇幅限制，我不給大家逐句解析原文的內容了，請大家自行下載文獻（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39111287/），對比原文內容來進行學習。

內皮TGM2通過抑制鐵死亡維持肺再生

TPI1是再生肺ECs中TGM2介導的多巴胺化修飾靶點，抑制鐵死亡

TPI1的多巴胺化修飾調節醚磷脂合成以調節再生肺ECs中的脂質過氧化和鐵死亡

多巴胺化修飾的TPI1減輕肺再生過程中促鐵死亡的DHAP-縮醛磷脂軸

TPI1中谷氨酰胺(Q)65殘基的多巴胺化修飾減少促纖維化的鐵死亡并維持肺再生

TPI1 Q65多巴胺化加強了催化殘基與DHAP而非GAP之間的接觸，促進將DHAP轉化為GAP的反應

PNX后阻斷ECs中的TPI1多巴胺化增強小鼠肺纖維化樣反應

內皮TPI1 Q65的多巴胺化通過減少鐵死亡減輕博來霉素損傷后的肺纖維化

研究團隊整合了多維化學蛋白質組學方法，揭示了多巴胺選擇性地修飾內皮微環境，從而激活肺再生過程并旁路纖維化進程。化學蛋白質組學分析顯示，多巴胺通過對三磷酸異構酶1（TPI1）的多巴胺化修飾作用，阻止了內皮細胞（ECs）中鐵死亡的發生。抑制ECs中TPI1的多巴胺化會引發鐵死亡相關的血管分泌信號異常，進而異常激活成纖維細胞，導致肺再生過程向纖維化的轉變。

在機制層面，TPI1中谷氨酰胺(Q) 65位點的多巴胺化顯著增強了TPI1將二羥丙酮磷酸（DHAP）轉化為甘油醛3-磷酸（GAP）的活性，從而引導了再生肺內皮細胞中醚磷脂的合成路徑和葡萄糖代謝過程。該代謝改變有效降低了脂質過氧化并阻止了鐵死亡的發生。在損傷后的內皮微環境中，恢復TPI1 Q65位點的多巴胺化修飾可逆轉鐵死亡，恢復血管的促再生分泌功能，并有效緩解肺纖維化。總體而言，TPI1的多巴胺化平衡了脂質和葡萄糖代謝，抑制了再生肺內環境中促纖維化的鐵死亡。

本研究共7個主圖，一共160個Panel，可以說在論據上是非常充足的，論證邏輯也是非常的絲滑，完全沒有強行扭轉行文邏輯的感覺。因此，假如我自己的研究領域也是蛋白翻譯后修飾，那么本文就是非常好的學習材料，值得反復研讀！而本文的methods部分也會成為我自己在進行實驗設計時候的可靠參考！

第四步：批判性思考，即從審稿人的角度出發，對該研究論文內容進行創新性、可靠性的解讀（也是我的導師最強調的能力）

就論文的可靠性而言，毋容置疑。本研究共包含7個圖（Figure），包含160個小圖（Panel），且這僅是主要圖表；實驗部分更是廣泛而詳盡，涵蓋了細胞實驗、動物模型及分子層面的驗證。論文也是來自多個團隊的研究者（四川大學丁楅森、曹中煒、葉庭洪、蒲強、張鳴及哈爾濱醫科大學楊力明共同通訊）合作得來，不僅使用了條敲小鼠和點擊化學技術，還進行了分子對接等實驗，邏輯驗證極為嚴謹充分。

從創新角度來看，本研究發現了神經遞質多巴胺通過一種不依賴于多巴胺受體的方式，而是通過蛋白翻譯后修飾去發揮作用。當然，此前已有研究報道多巴胺化修飾，但大多是在神經系統中對H3組蛋白的修飾，以發揮轉錄調控的功能。

前面我提到過本文是比較完整的從大的表型出發——篩選細胞分子——確定靶點以及機制——回歸到表型研究的經典文章。并且很大一部分內容依托于兩位主要通訊作者（丁楅森、曹中煒）于2014年在美國做研究期間合作以共同第一作者身份發表的主刊文章，不僅與該主刊相關的內容在本文中有較大的省略，而且多巴胺化修飾早有報道，本文沒有進一步的新機制挖掘，因此很有可能是在機制上沒有做到煥然一新甚至顛覆性的突破（當然必須要承認這是非常難做到的），導致沒能沖擊主刊。

希望大家能在研究生階段堅持學習文獻，尤其要注重文獻的精讀和系統整理。精讀不僅是簡單的閱讀，而是帶著問題去深入剖析研究思路、實驗方法和數據處理方式，借此提升自己對科研問題的理解和思考深度。不僅要讀出作者想讓我們看到的，更要讀出作者不想讓我們看到的。

在完成幾十篇文獻的精讀與整理后，科研思維一定會逐漸變得清晰，課題設計能力也顯著提升。