常用的滅菌方法有濕熱滅菌法、干熱滅菌法、輻射滅菌法、氣體滅菌法、過濾除菌法、汽相滅菌法、液相滅菌法等，可根據被滅菌物品的特性采用一種或多種方法組合滅菌。
一、濕熱滅菌法
本法系指將物品置于滅菌設備內利用飽和蒸汽、蒸汽-空氣混合物、蒸汽-空氣-水混合物、過熱水等手段使微生物菌體中的蛋內質、核酸發生變性而殺滅微生物的方法。該法滅菌能力強，為熱力滅菌中最有效、應用最廣泛的滅菌方法，適用于藥品、容器、培養基、無菌衣、膠塞以及其他遇高溫和潮濕性能穩定的物品。濕熱滅菌條件通常采用溫度-時間參數或者結合F0值（F0值為標準滅菌時間，系滅菌過程賦予被滅菌物品121°C 下的等效滅菌時間）綜合考慮。
二、干熱滅菌法
本法系指將物品置于干熱滅菌柜、隧道滅菌器等設備中，利用干熱空氣達到殺滅微生物或消除熱原物質的方法。適用于耐高溫但不宜用濕熱滅菌法滅菌的物品滅菌，如玻璃器具、金屬制容器、纖維制品、陶瓷制品、固體試藥、液狀石蠟等。干熱滅菌條件通常采用溫度-時間參數或者結合FH值（FH值為標準滅菌時間，系滅菌過程賦予被滅菌物品160°C下的等效滅菌時間）綜合考慮。
三、輻射滅菌法
本法系指利用電離輻射殺滅微生物的方法。常用的輻射射線有60Co 或137Cs衰變產生的γ射線、電子加速器產生的電子束和X射線裝置產生的X射線。適用于能夠耐輻射的醫療器械、生產輔助用品、藥品包裝材料、原料藥及成品等。輻射滅菌控制的參數主要是輻射劑量（指滅菌物品的吸收劑量），為保證滅菌過程不影響被滅菌物品的安全性、有效性及穩定性，應確定最大可接受劑量。
四、氣體滅菌法
本法系指用化學滅菌劑形成的氣體殺滅微生物的方法，最常用的化學滅菌劑是環氧乙烷，一般與80% ~90%的惰性氣體混合使用，在充有滅菌氣體的髙壓腔室內進行。適用于不耐高溫、不耐輻射的物品（如醫療器械、塑料制品和藥品包裝材料等），干粉類產品不建議采用本法滅菌。采用環氧乙烷滅菌時，腔室內的溫度、濕度、滅菌氣體濃度、滅菌時間是影響滅菌效果的重要因素，同時需確認滅菌完成后滅菌氣體和反應產物殘留量對滅菌物品的安全性、有效性和穩定性的影響。
五、過濾除菌法
本法系指采用物理截留去除氣體或液體中微生物的方法，常用于氣體、熱不穩定溶液的除菌。應根據待過濾介質屬性及工藝目的選擇合適的過濾器，除菌級過濾器的濾膜孔徑通常選用0.22μm(或更小孔徑或相同過濾效力）。過濾器的孔徑定義來自過濾器對微生物的截留能力，而非平均孔徑的分布系數。選擇過濾器材質時，應充分考察其與待過濾介質的兼容性。
六、汽相滅菌法
本法系指通過分布在空氣中的滅菌劑殺滅微生物的方法，常用的滅菌劑包括過氧化氫、過氧乙酸等。適用于密閉空間的內表面滅菌。滅菌效果通常與滅菌劑量(一般是指注入量）、相對濕度和溫度有關。
七、液相滅菌法
本法系指將被滅菌物品完全浸泡于滅菌劑中達到殺滅物品表面微生物的方法。具備滅菌能力的滅菌劑包括：甲醛、過氧乙酸、氫氧化鈉、過氧化氫、次氯酸鈉等。滅菌劑種類的選擇應考慮滅菌物品的耐受性。滅菌劑濃度、溫度、pH值、生物負載、滅菌時間、被滅菌物品表面的污染物等是影響滅菌效果的重要因素。
