很多用戶對氣相色譜直接進水樣存有顧慮，這種疑慮是不無道理的，對于氣相色譜，水分的影響主要體現在四個方面：
1、水的氣化膨脹系數很大，進樣時容易導致襯管超載，直接影響峰面積重現性；這種問題還會污染襯管上方氣路，影響后面的實驗
2、水的表面能很大，而大部分的毛細管柱固定相的表面能較低，導致水的潤濕性能很差，嚴重影響峰形
3、很多檢測器是怕水的，如 ECD、MSD 和 NPD，大量水蒸汽的進入會導致這些檢測器的性能下降，水進樣量較大時還容易使 FID 火焰熄滅
4、鹽類和很多不揮發性物質易溶于水，隨水樣進入而污染氣相系統
鑒于上述潛在的危害，氣相應用應盡量避免采用水做為進樣溶劑。如果不得不進水樣，請參考下面幾點建議：
1、確保所用的檢測器是不怕水的
2、選擇不怕水的色譜柱，交聯鍵合技術的 WCOT 色譜柱一般不怕水，而非交聯鍵合的色譜柱不建議進水樣；PLOT 型色譜柱中，一些固定相（如分子篩、氧化鋁）由于極強的吸附性不宜進水，而有機多孔聚合物類型的色譜柱（如 PLOT Q 或 U）有良好的耐水性，因此 PLOT 色譜柱能否進水樣請具體參照廠家的建議
3、建議使用大體積的襯管 (≥900μl) 和小的進樣量 (≤0.5ul) 來避免襯管超載
4、初始柱溫最好大于等于 100℃；適當加長分析后對柱子的高溫烘烤時間，特別是在初始溫度不太高的時候；如果初始溫度低于 100℃，建議定期以 200℃ 烘烤柱子。
