過濾工藝在使用之前，是需要對除菌過濾器進行滅菌的。常見的三種滅菌方式分別為輻射滅菌、滅菌器滅菌以及在線蒸汽滅菌。
輻射滅菌，通常用于一次性產品，由于輻射累積劑量的影響，通常不應被多次滅菌。也就是說，輻射滅菌以后的的過濾器失效后，是不建議再次滅菌和使用的。
滅菌器滅菌，通常采用脈動抽真空的滅菌方法。我們常用的囊式過濾器通常采用滅菌器滅菌。囊式過濾器是不可以使用在線蒸汽滅菌的，在線蒸汽滅菌會直接損壞囊式過濾器。
囊式過濾器滅菌器滅菌的常見問題如下：
1、囊式過濾器主體的變形，主要考慮過濾器進出口是否被堵住；進出口軟管是否折疊或者別被夾住；包裹囊式過濾器用的滅菌無紡布/滅菌袋選擇是否合適，無紡布/滅菌袋如果透氣性差，內部耐受較大的壓差，也會出現主體的變形；排氣/排液閥是否關閉。
2、囊式過濾器進出口的變形，主要考慮連接的配件過重，而導致進出口變形；卡箍夾的是否過緊。
3、囊式過濾器排氣口變形，主要考慮排氣/排液閥是否連接了較重的配件，過度承重而出現變形。
囊式過濾器滅菌器滅菌時，過濾器排氣/排液閥和進出口必須保持全開和暢通，以保證良好的空氣流通、蒸汽滲透和冷凝水排放。過濾器軟管，選擇內徑盡可能大的軟管，軟管保持開放且暢通無阻；軟管不應彎曲、折疊或者呈U形；禁止將進出口兩根軟管連接形成環路。卡箍/不銹鋼配件，建議使用兩片式的塑料卡箍或者三片式的不銹鋼卡箍進行連接，保證受力均勻，避免過緊形變；如果過濾器連接了不銹鋼配件，請勿使過濾器尤其是排氣閥承受這些配件的重量。
在線蒸汽滅菌，是采用在線蒸汽的方式進行滅菌。在線蒸汽滅菌，既要保證滅菌效果又不損壞過濾器，滅菌系統的設計和操作非常重要，包括冷凝水的排放、壓差的控制等。
在線蒸汽滅菌的（SIP）設計，如果滅菌系統包含了料液系統、儲罐和呼吸器的話，這樣復雜的系統或者設備應設計為分段滅菌，料液系統滅菌和儲罐呼吸器系統滅菌分開分別滅菌。每一部分的滅菌應該有獨立的冷凝水排放管路。兩步滅菌就會涉及到無菌邊界的設計，無菌邊界的滅菌，蒸汽應該為單一方向，同時進入相反方向的蒸汽是不正確的，兩個方向的蒸汽出現是沒辦法保證無菌邊界被蒸汽穿透的，無菌邊界應該分兩步進行，需要兩步滅菌保證蒸汽穿透無菌邊界。
產品過濾器的SIP系統，是可以進行正向的滅菌也可以進行反向的滅菌。反向滅菌時要注意，只有經過驗證可以反向滅菌的過濾器才可以進行反向滅菌。對于正向滅菌的過濾器，是和小體積的罐體一起參與滅菌的，滅菌過程中要仔細檢測壓力和蒸汽流通情況，建議最大的罐體體積不過超過20L/10inch過濾器。不管是正向滅菌還是反向滅菌，應該在過濾器的上下游安裝壓力表，實時監測壓差，保證過濾器不超過它的最大耐受。在高溫的狀況下，過濾器的最大耐受壓差是減小的，應注意操作溫度，避免過濾器的損壞。
氣體過濾器的SIP系統，多數情況下，疏水性過濾器為反向滅菌，蒸汽從罐體進入，反向滅菌呼吸器。這種情況下，呼吸器推薦使用帶卡扣翅片的呼吸器。并且在過濾器的上下游需要安裝壓力表，實時監測SIP過程中，過濾器的最大耐受。同時，溫度探頭應放置在呼吸器和罐體的最冷點，確保SIP過程中，最冷點也達到SIP要求。
在線滅菌器滅菌時，如果過濾器發生鼓脹，考慮是因為反向壓差過大；過濾器發生壓癟，考慮是因為正向壓差過大；過濾器出現燒熔，考慮是因為SIP過程中溫度控制不好，超過過濾器外殼材料的熔點出現的；過濾器局部如果出現變色，考慮是因為過濾器在SIP之前進行了潤濕和完整性測試，過濾器是濕的且溫度較低，高溫的蒸汽過來后會在冷的表面冷凝放熱，而出現局部變色的情況。
SIP系統在操作過程中，可能會出現升溫比較慢的情況，首先要排查溫度探頭的安裝位置是否合適，是否連接了較長的管路或者較大的儲罐，都可能會出現升溫較慢的情況。過濾器如果是濕滅的話，也會出現升溫比較慢的情況。另外，如果SIP后完整性測試失敗，主要核查過濾器在升溫或者降溫階段，壓差控制是否合適，是否超過了過濾器的最大耐受。
