氣相色譜種類很多，性能各有差別。主要包括兩個系統。即氣路系統和電路系統，氣路系統主要有壓力表、凈化器、穩壓閥、穩流閥、轉子流量計、六通進樣閥、進樣器、色譜柱、檢測器等；電子系統包括各用電部件的穩壓電源、溫控裝置、放大線路、自動進樣和收集裝置、數據處理機和記錄儀等電子器件。

色譜儀故障產生的原因是多方面的，必須采用部分檢查的方法，即排除法，才可能縮小故障的范圍。氣路系統故障的原因一般是漏氣，氣體質量不達標，氣體穩壓、穩流差等。

例如：基線若始終向下漂移，即“電平”值逐漸變小至負數，這極有可能是載氣泄漏，那么就要查找各個接頭部件是否泄漏；若不泄漏而基線仍漂移，則可能是電路系統的故障。色譜氣路上的故障排除，需要分析工作者有一定的電子線路方面的知識，并且要弄清楚主機接線圖和各系統的電原理圖。

色譜電路系統的故障，一般是溫度控制系統的故障和檢測放大系統的故障，當然不排除供給各系統的電源故障。溫控系統（包括柱溫、檢測器溫控、進樣器溫控）的主回路由可控硅和加熱絲所組成，可控硅導通角的變化，使加熱功率變化，從而使溫度變化（恒定或不恒定）?？刂瓶煽毓鑼ń亲兓氖禽o回路（控溫電路），包括鉑電阻（熱敏元件）和線性集成電路等等。

由上所述可知，若是溫控系統的故障，則首先檢查可控硅、加熱絲、鉑電阻是斷路、短路或是接觸不良。其次檢查輔回路的其它電子部件。放大系統常見故障是離子訊號線受潮或斷開、高阻開關（即靈敏度選擇）受潮、集成運算放大器（如：AD515JH、OP07等）性能變差或壞等。

色譜故障的排除既要做到局部又要考慮到整體，例如，若出現基線不停的抖動或基線噪音很大時，可先將放大器的訊號輸入線斷開，觀察基線情況，如果恢復正常，則說明故障不在放大器和處理機（或記錄儀），而在氣路部分或溫度控制單元；反之，則說明故障發生在放大器、記錄儀（或處理機）等單元上。